Les conditions climatiques à Haines Junction correspondent à celles de la réserve de parc national Kluane. À cause de son emplacement au nord du 60e parallèle, les hivers à la réserve de parc national Kluane sont longs et sombres (seulement quatre heures d'ensoleillement par jour). Les étés sont habituellement chauds avec de longues heures d'ensoleillement (jusqu'à 19 heures). La température moyenne est de 11 ¡C en juin et de - 21 ¡C en janvier. Aux altitudes plus élevées, le temps est plus froid et la météo imprévisible. Le gel peut se produire à n'importe quelle période de l'année et, à la fin d'octobre, la plupart des lacs sont gelés.
