L'économie de Haines Junction est liée à la situation géographique de la collectivité qui se trouve le long de la route de l'Alaska et à son rôle comme point d'accès de la réserve de parc national Kluane. Kluane est un parc à l'état naturel où se trouvent des sentiers pour faire de la randonnée, du ski et de la bicyclette. L'accès au parc par des véhicules est limité au lac Mush et à la vallée de l'Alsek. L'accès par motoneige est limité au lac Kathleen.
Le secteur des services gouvernementaux constitue une part importante de l'emploi : 27 % de l'emploi global, comparativement à 21 % pour ce secteur à l'échelle du Yukon. Haines Junction abrite le centre administratif de la réserve de parc national Kluane ainsi que divers services territoriaux du gouvernement. En outre, Haines Junction est le centre administratif de la Première nation Champagne et Aishihik, qui englobe maintenant l'administration et la prestation de divers services municipaux et sociaux.
Six pour cent de la population active est employée dans les services d'éducation, ce qui se rapporte au 7 % qui prévaut à l'échelle du Yukon. Les services de santé emploient 6 % des personnes à Haines Junction, comparativement à 9 % pour l'ensemble du Yukon.
L'activité économique reliée au tourisme constitue une partie importante de l'emploi dans la collectivité. Le secteur de l'hébergement, de la restauration et des services de tourisme en milieu sauvage emploie 12 % de la population active, comparativement à une proportion de 9 % à l'échelle du Yukon. Les transports constituent un autre segment important de l'économie locale, représentant 5 % de l'emploi, une donnée légèrement supérieure à la moyenne de 4 % au Yukon. Le secteur « autres services », qui recouvre les loisirs et les arts, compte pour 6 % de l'emploi, près du 7 % de la moyenne au Yukon. Le commerce de détail, avec 11 % de l'emploi, correspond à la moyenne du Yukon dans ce secteur.
Le secteur de la construction représente 8 % de l'emploi, une donnée qui correspond à la moyenne du Yukon dans ce secteur. Parmi les autres secteurs d'emploi dans la région de Haines Junction se trouvent les communications, l'agriculture, la foresterie et l'industrie manufacturière. Les secteurs tels que l'industrie minière, les finances, l'information et les services aux entreprises représentent une partie trop infime de l'économie de Haines Junction pour être répertoriés dans le recensement.
Les activités traditionnelles jouent également un rôle dans l'économie et le mode de vie de Haines Junction, en particulier pour les membres des Premières nations. Le piégeage pour la fourrure est pratiqué tant à plein temps qu'à temps partiel et la grande majorité des membres des Premières nations exercent leur droit de tirer leur subsistance de la pêche et de la chasse.
