Au départ, Pelly Crossing servait de camp aux gens de la Première nation Selkirk se dirigeant vers Ta'Tla Mun. Au début des années 1900, Ira et Eliza Van Bibber ont construit une propriété familiale à l'embouchure du ruisseau Mica et y ont élevé leur famille. La région avoisinante s'est développée comme embarcadère de traversier de la rivière Pelly et camp pour les travailleurs construisant la route du Klondike. Les gens de la Première nation se sont installés près du lieu traditionnel de Fort Selkirk, sur le fleuve Yukon. La construction de la route a signifié la fin de nombreuses collectivités riveraines comme Fort Selkirk et le village a été pratiquement abandonné. La Première nation Selkirk s'est ensuite réinstallée à Pelly Crossing afin de centraliser les services et de faciliter l'administration. La collectivité de Pelly Crossing se trouve sur la route du Klondike et sur la berge de la rivière Pelly, à 282 kilomètres au nord-ouest de Whitehorse et à 254 kilomètres au sud-est de Dawson.
