L'économie de Pelly Crossing est basée sur une gamme étroite d'activités. La plupart des emplois se trouvent dans les secteurs des services gouvernementaux, de l'éducation et de la santé. Le principal employeur dans la collectivité est le gouvernement de la Première nation Selkirk pour lequel travaillent environ 20 personnes. Certaines personnes qui vivent habituellement à Pelly Crossing déménagent, ne serait-ce que pendant une partie de l'année, pour trouver du travail ailleurs.
Le site historique de Fort Selkirk fournit des emplois saisonniers aux membres de la Première nation Selkirk dans le cadre d'une entente de gestion avec la Direction du patrimoine du gouvernement du Yukon. Les employés travaillent à la restauration et à l'entretien du site historique de la ville et à l'entretien du terrain de camping.
Les activités traditionnelles jouent également un rôle dans l'économie de Pelly Crossing. De nombreuses personnes retirent une bonne partie de leur subsistance de la chasse et de la pêche et certains gagnent de l'argent grâce au piégeage.
