Le climat de Watson Lake, comme partout au Yukon, peut varier énormément. L'information sur les conditions météorologiques entre 1971 et 2000 a établi que la température moyenne en janvier se situait à - 19 °C le jour et à - 29 °C la nuit. En juillet, la moyenne se situait à 21 °C le jour et à 9 °C la nuit. Les précipitations annuelles au cours de cette même période se sont chiffrées à 404 millimètres, ce qui comprend 255 millimètres de pluie et 196,5 centimètres de neige.
