Whitehorse est le centre du gouvernement du Yukon et les activités gouvernementales constituent le support de la collectivité et assurent sa stabilité. Whitehorse a également un secteur de commerce diversifié qui dessert le territoire entier. Comme dans plusieurs autres pays et régions du Canada, le tourisme au Yukon et à Whitehorse a connu une baisse après 2001. À long terme toutefois, l'importance du tourisme grandit dans l'économie du Yukon. La collectivité profite directement et indirectement des visites des touristes, en servant de base commerciale et de transport pour les activités touristiques qui se déroulent ailleurs au Yukon. La vaste population stable de la collectivité, ainsi que l'essor du tourisme ont été des facteurs du développement d'autres industries de services. L'emploi à Whitehorse représente 73 % la totalité de l'emploi au Yukon.
L'économie de Whitehorse repose encore en partie sur l'état du secteur minier du Yukon, et un grand nombre d'entreprises qui fournissent des services à l'industrie minière ont leur siège dans la ville. Quand l'industrie minière est au ralenti, comme cela a été le cas au cours des dernières années, l'économie de Whitehorse montre des signes de malaise qui se manifestent par l'augmentation du chômage et une certaine diminution de population.
Le gouvernement est la principale source d'activité économique à Whitehorse et le secteur des services gouvernementaux représente 20 % de l'emploi total. Dans les plus petites collectivités, la proportion d'emploi dans le secteur des services gouvernementaux peut être légèrement plus élevée, mais à Whitehorse, la vaste gamme d'activités gouvernementales regroupe la majeure partie de la fonction publique du territoire. D'autres facteurs importants de l'économie sont les services d'éducation, qui représentent 7 % de l'emploi et les services de santé et sociaux, qui comptent pour 10 % de l'emploi. Les services de santé sont concentrés à Whitehorse, tandis que la proportion représentée par le secteur de l'éducation est relativement près de celle du Yukon. Le rôle de la ville comme centre des affaires du Yukon est apparent dans l'importance des services pour les entreprises, y compris les secteurs techniques, qui forment 5 % de tout l'emploi, alors que la finance, l'assurance et l'immobilier représentent presque 4 %. En comparaison, le reste du Yukon a 2 % de tout l'emploi dans ces secteurs. D'autres services clés, basés à Whitehorse et distribués dans tout le territoire, sont les divers services publics. Les industries de l'information et de la culture fournissent cinq pour cent de l'emploi total à Whitehorse.
Whitehorse a une proportion bien moins nombreuse de personnes travaillant dans le secteur primaire - mines, foresterie, pêche et piégeage - que le reste du Yukon.
Par contre, on retrouve quelques emplois dans le secteur agricole à Whitehorse. Ceux qui travaillent à Whitehorse dans des secteurs comme les mines et la foresterie ont surtout tendance à fournir des services tels que des mises à l'essai plutôt que le travail de production. Les secteurs de l'hébergement et de l'alimentation constituent 8 % de l'emploi total à Whitehorse. Ce pourcentage est inférieur au pourcentage que l'on retrouve dans le reste du Yukon, où de nombreuses collectivités dépendent fortement du tourisme pour l'emploi. Toutefois, l'emploi dans les secteurs du commerce de détail et du commerce en gros, à 15 % du total, est une donnée supérieure à la proportion que l'on trouve ailleurs dans le territoire. Whitehorse est un centre d'approvisionnement de la plupart des collectivités du Yukon et les gens ont tendance à acheter de nombreux produits, en particulier des articles importants, de Whitehorse directement. Les autres services, qui comprennent les activités récréatives, constituent 7 % de l'emploi, une donnée près de la proportion qui a cours ailleurs au Yukon.
Le transport est fonction du tourisme et de voyages au Yukon. Il fournit 4 % de l'emploi total de Whitehorse, ce qui représente environ la même proportion que dans le reste du Yukon, Le domaine de la construction fluctue mais, en 2001, constituait 7 % de l'emploi dans la région de Whitehorse.
